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更新時(shí)間：2023-03-21 
瀏覽次數(shù)：1322Real-time qPCR如何進(jìn)行數(shù)據(jù)分析
1. Real-time qPCR常見參數(shù)
基線（baseline）
通常是3-15個(gè)循環(huán)的熒光信號
同一次反應(yīng)中針對不同的基因需單獨(dú)設(shè)置基線
閾值（threshold）
自動(dòng)設(shè)置是3-15個(gè)循環(huán)的熒光信號的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍
手動(dòng)設(shè)置：置于指數(shù)擴(kuò)增期，剛好可以清楚地看到熒光信號明顯增強(qiáng)
同一次反應(yīng)中針對不同的基因可單獨(dú)設(shè)置閾值，但對于同一個(gè)基因擴(kuò)增一定要用同一個(gè)閾值。
Ct值:與起始濃度的對數(shù)成線性關(guān)系。
分析定量時(shí)候一般取Ct:15-35。太大或者太小都會(huì)導(dǎo)致定量的不準(zhǔn)確。
Rn（Normalized reporter）是熒光報(bào)告基團(tuán)的熒光發(fā)射強(qiáng)度與參比染料的熒光發(fā)射強(qiáng)度的比值。2. 影響Ct值的關(guān)鍵因素
模板濃度
模板濃度是決定Ct的最主要因素?？刂圃谝粋€(gè)合適范圍內(nèi)，使Ct在15-35之間
反應(yīng)液成分的影響
任何分子的熒光發(fā)射都受環(huán)境因素影響----比如溶液的pH值和鹽濃度。
PCR反應(yīng)的效率
PCR反應(yīng)的效率也會(huì)影響Ct值。在PCR擴(kuò)增效率低的條件下進(jìn)行連續(xù)梯度稀釋擴(kuò)增，與PCR擴(kuò)增效率高的條件下相比，可能會(huì)所產(chǎn)生斜率不同的標(biāo)準(zhǔn)曲線。PCR效率取決于實(shí)驗(yàn)、反應(yīng)混合液性能和樣品質(zhì)量。一般說來，反應(yīng)效率在90-110%之間都是可以接受的。3. 如何評估實(shí)時(shí)定量PCR反應(yīng)的效果
PCR擴(kuò)增效率：為了正確地評估PCR擴(kuò)增效率，至少需要做3次平行重復(fù)，至少做5個(gè)數(shù)量級倍數(shù)(5logs)連續(xù)梯度稀釋模板濃度。另一個(gè)評估PCR效率的關(guān)鍵參數(shù)是相關(guān)系數(shù)R2，它是說明兩個(gè)數(shù)值之間相關(guān)程度的統(tǒng)計(jì)學(xué)術(shù)語。如果R2等于1，那么你可以用Y值（Ct）來準(zhǔn)確預(yù)測X值（量）。如果R2等于0，你就不能通過Y值來預(yù)測X值。R2值大于0.99 時(shí)，兩個(gè)數(shù)值之間相關(guān)的可信度很好。
標(biāo)準(zhǔn)偏差（standard deviation，偏差的平方根）是的精確度計(jì)量方法。
如果許多數(shù)據(jù)點(diǎn)都靠近平均值，那么標(biāo)準(zhǔn)偏差就??；如果許多數(shù)據(jù)點(diǎn)都遠(yuǎn)離平均值，則標(biāo)準(zhǔn)偏差就大。實(shí)際上，足夠多重復(fù)次數(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)組會(huì)形成大致的正態(tài)分布。這經(jīng)?？赏ㄟ^經(jīng)典的中心極限理論來證明，獨(dú)立同分布隨機(jī)變量在無限多時(shí)趨向于正態(tài)分布。如果PCR反應(yīng)效率是 100%，那么2倍稀釋點(diǎn)之間的平均Ct間隔應(yīng)該恰為1個(gè)Ct值。要以99.7%的幾率分辨2倍稀釋濃度，標(biāo)準(zhǔn)偏差就必須小于等于0.167。標(biāo)準(zhǔn)偏差越大，分辨2倍稀釋的能力就越低。為了能夠在95%以上的情況下分辨出2倍稀釋，標(biāo)準(zhǔn)偏差必須小于等于 0.250
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